ご無沙汰しています。田中です。
会社が原則在宅勤務となってからは、ZoomやTeamsを使ってビデオ会議やキャッチアップを行うことが日常になったのですが、会議へのリンクをクリックした時に、毎回ブラウザーが確認画面を出してくるのが面倒に感じていました。

調べたところ、Chrome 79以上であれば、下記のように設定を行うことで、これまで通り確認画面をスキップすることができることがわかりました。
macOSの場合
$ defaults write com.google.Chrome ExternalProtocolDialogShowAlwaysOpenCheckbox -bool true
Windowsの場合
レジストリで下記にDWORD値を追加する
- 場所:
Computer\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Google\Chrome
- 名前:
ExternalProtocolDialogShowAlwaysOpenCheckbox
- 値:
1
値の変更後はブラウザーを再起動して設定を反映します。これで、確認ダイアログにチェックボックスが表示され、今後同じスキームについては表示しないように設定することができます。

この仕様変更はセキュリティを考慮したものと思いますが、私のように少しストレスに感じていた人は是非お試しください。
※ 2020年6月8日: コマンドが間違えていた箇所を修正いたしました( @komebeatsさん、ありがとうございます)